若医院有误诊的情形，但拒不承认的处理办法为：当事人可以向卫生行政部门提出鉴定申请。对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定，专家鉴定组应当根据事实、证据，综合分析患者的病情和个体差异，作出鉴定结论，并制作医疗事故技术鉴定书，据该鉴定书确认是否为医疗事故。法律依据：《医疗事故处理条例》第三十一条
专家鉴定组应当在事实清楚、证据确凿的基础上，综合分析患者的病情和个体差异，作出鉴定结论，并制作医疗事故技术鉴定书。鉴定结论以专家鉴定组成员的过半数通过。
鉴定过程应当如实记载。
第二十条
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。